1958年4月2日，经国务院批准，撤销河套行政区后，杭锦后旗归属巴彦淖尔盟（今巴彦淖尔市）管辖。同时，将陕坝镇改为乡级镇划归杭锦后旗领导，将狼山县撤销后其原西北部地区划归杭锦后旗管辖；将临河县的光荣人民公社（在陕坝镇东北）划归杭锦后旗。同年，全旗乡镇改建人民公社。1959年，将杭锦后旗的东风、新华2个人民公社（由狼山县划入的）划归临河县管辖；同时将临河县的超美人民公社和头道桥火车站划入杭锦后旗。1961年后，经调整人民公社规模，全旗行政区域划分为20个农村人民公社和1个镇人民公社。1983年，杭锦后旗人大常委会和人民政府改革农村“政社合一”体制，在原人民公社的区域基础上，分别建立乡、镇人民代表大会和乡镇人民政府。1986年，将蛮会、黄河、三道桥3个乡分别改为镇建制，并相应地建立镇人民代表大会和镇人民政府。