1947年11月，中国共产党派工作团进驻三河街（今额尔古纳市三河镇）。1948年1月1日，接管额尔古纳左、右翼两旗，并将两旗合并为额尔古纳旗。2月16日，经内蒙古自治政府批准，额尔古纳旗人民政府在三河街正式成立。

1961年，额尔古纳旗人民政府迁至根河镇，8月，接收原喜桂图旗代管的根河、好里堡、得耳布尔、金河、牛耳河5个镇和阿龙山、满归2个地区。1966年4月1日，国务院批准撤销额尔古纳旗，设额尔古纳右旗和额尔古纳左旗。额尔古纳左旗旗政府所在地根河。

1969年8月1日，额尔古纳左旗随同呼伦贝尔盟（今呼伦贝尔市）划入黑龙江省。1979年7月1日，额尔古纳左旗又重新划归中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站。

1994年4月28日，经国务院批准，撤销额尔古纳左旗，改建根河市，以原额尔古纳左旗的区域为根河市的行政区域，实行市管林区体制，市政府所在地根河。同年，根河市辖6个镇、1个乡、3个办事处、112个居民委员会、811个居民小组。

2002年，辖5个镇、1个乡、3个办事处。

2006年，辖3个镇、1个乡、3个办事处。

2012年，辖4个镇、1个乡、4个街道办事处。

2013年，辖3个镇、1个乡、5个街道办事处。

2015年，辖4个镇、1个乡、4个街道办事处。

截至2019年，根河市辖4个镇、1个乡、4个街道办事处。