1997年，清水河县辖3镇11个乡，县政府驻城关镇。2006年，撤销小庙子乡、杨家窑乡，将小庙乡原管辖的行政区域整建制和杨家窑乡的6个村（大湾、杨家天、韩庆坝、石湾子、西山沟、孔读林）并入城关镇；撤销五良太乡，将其原管辖的行政区域整建制并入宏河镇；撤销单台子乡，将其原管辖的行政区域整建制并入窑沟乡；将杨家窑乡的6个村（盆地青、三岔河、座峰、朱毛草、七冬沟、对九沟）并入韭菜庄乡；撤销暖泉乡，将其原管辖的行政区域整建制并入北堡乡。

2012年，恢复五良太乡、单台子乡。调整后，清水河县辖3个镇、5个乡：城关镇、宏河镇、喇嘛湾镇、窑沟乡、北堡乡、韭菜庄乡、五良太乡、单台子乡。