1988年，在自治区财政厅的支持下，自治区科委试行科研周转金制度。但由于经验不足，在投资方向上未能突出重点，资金使用效果不理想。在总结经验的基础上，1989年，自治区科委对科研周转金采取了“集中使用、重点、开发优先”的投放原则，主要用于开发前景好、经济效益显著、有一定基础的产品开发项目上，取得了预期效果。同年2月，对回收经费问题进行了多次研究，在统一认识、明确职责的基础上，制定办法，组织实施。同时与自治区财政厅多次磋商，联合印发《回收经费暂行规定》。1990年8月，自治区科委印发《关于继续深化科技拨款制度改革工作的通知》，对全区科技拨款制度的深化改革工作作了具体部署。11月，为促进科技体制改革，加速自治区科技事业的发展，从自治区级科技三项费用中拨出部分资金，建立了自治区科技发展基金，制定《内蒙古科技发展基金经费管理办法》。

从1991年1月1日起，全区科学事业费划转执行新的科研会计核算制度，为此，自治区科委、财政厅联合印发《关于执行科研单位会计制度的通知》。

根据科技拨款制度改革的要求，结合自治区直属开发型科研院（所）的实际情况，在前三年递减事业费的基础上，1992年仍对开发型科研院（所）分档次进行递减事业费工作。1992年4月，自治区科委印发《关于1992年继续递减开发型科研院（所）事业费的通知》。10月，自治区科委印发《关于重申对固定资产调拨、变卖、报损、报废等审批权限的通知》。同月，自治区科委印发《关于对M—150计算机、H—700H型电镜及国际联机检索使用费用要求补贴的通知》，明确提出，从即日起对使用M—150计算机、H—700H型电镜及国际联机检索停止使用费用的补贴，应变为有偿使用。12月，自治区科委推出1993年改革新措施，将以市场为导向、应用为前提、效益为中心安排科技攻关计划项目，并实行“以销定研”，软科学研究计划要为攻关计划提供立项依据。攻关计划要为推广“星火”“火炬”计划提供部分有价值的成熟成果和解决生产实践中的难题，压缩指令性课题，扩大指导性课题。从1994年起将强化全部有偿、投资入股、知识产权3种经费投放方式，以提高经费的使用效率，并决定对重大课题试行公开招标。

1996年12月，自治区出台了《事业单位非经营性资产转经营性资产管理实施办法》。

1998年9月，《内蒙古科技风险基金管理办法》开始执行，由自治区财政拨款400万元，自治区科委匹配300万元建立的自治区科技风险基金项目正式启动。

1999年，自治区科技投入经费总计达5035万元，比1998年有了大幅提高。其中自治区科技三项费及专项费共计3949万元，科技三项费2989万元，比1998年增加229万元，增长达7.6%；科技风险投资基金600万元，较1998年增加200万元，增长达50%。