从1989年开始，是自治区社会主义民主法制建设取得重大进步的历史时期，这个阶段不断加快卫生立法步伐，自治区地方卫生法制建设工作得到了长足发展。先后经人大审议、政府批准通过了6部地方性法规和6部地方政府规章。1997年8月2日，通过了《中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站实施〈中华人民共和国母婴保健法〉办法》，1997年9月24日，通过了《中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站食品摊贩和城乡集市贸易食品卫生管理条例》（2002年修订），1998年9月28日，通过了《中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站爱国卫生条例》，2000年1月14日，通过了《中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站实施〈中华人民共和国献血法〉办法》，2001年2月12日，通过了《中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站蒙医中医条例》，2001年8月1日，通过了《中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站地方病防治条例》。1989年7月14日，自治区政府颁布了《中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站医疗事故处理办法实施细则》，1990年3月13日，颁布了《中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站个体开业医生和联合医疗机构管理办法》（1998年修订），1990年12月18日，颁布了《中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站尘肺病防治条理实施办法》，1993年2月17日，颁布了《〈中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站学校卫生工作条例〉实施办法》（2002年修订），2000年2月24日，颁布了《中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站婚前医学检查管理办法》，2003年6月15日，颁布了《中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站突发公共卫生事件应急办法》。此外，自治区卫生厅还制定发布了《中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站食品卫生许可证发放管理办法》《中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站采购食品索证管理办法》《中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站临床用血互助金交纳与管理办法》《中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站临床试验室管理暂行办法》《内蒙古职业健康检查、职业病诊断、鉴定机构资质认证管理办法》等规范性文件。全区有地方立法权的呼和浩特市、包头市也相继制定颁布了《包头市传染病防治条例》《包头市熟肉制品管理办法》《呼和浩特市传染病防治条例》《呼和浩特市职业病防治监督条例》《呼和浩特市食品卫生管理办法》《呼和浩特市传染病防治暂行办法》等地方法规规章。全区卫生法律法规体系日趋完善。

在制定法规、规范的同时，中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站以贯彻《食品卫生法》为切入点积极推行卫生行政执法责任制和责任追究制。1996年7月，自治区卫生厅根据《自治区政府办公厅关于抓紧建立和实行部门执法责任制的通知》精神，制定了《卫生厅落实部门执法责任制工作方案》。2000年，结合工作实际，又对原《方案》进行充实和完善，形成《内蒙古卫生厅推行行政执法责任制工作方案》，2005年，自治区卫生厅根据领导班子调整的实际情况，及时调整了自治区卫生行政执法责任制工作领导小组，进一步健全了执法责任制的组织领导和工作职责，落实了监管责任，制定了《中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站卫生系统推行行政执法责任制实施方案》，并将行政执法责任制相关指标分解到食品卫生和打击非法行医考评工作中，纳入对盟市的管理目标。在2004年“阜阳奶粉事件”的处理过程中，按照执法责任制的要求，分别对事件责任相关人员进行了责任追究。几年来自治区卫生厅相继建立了《内蒙古卫生厅法制宣传制度》等15项工作制度，制定了《卫生监督员行为规范》等4项工作规范，制定了《现场卫生监督检查程序》等11项工作程序，制定了《卫生行政执法公示制度》等20项行政执法责任相关制度。各地也结合实际，制定了一系列卫生规范和要求，在实际监督工作中运用。

2001年《内蒙古自治区人民政府关于开展简政放权政务公开工作的通知》下发后，为进一步转变职能，推进机关工作作风、工作方式的转变，工作质量和工作效能的提高，自治区卫生厅成立了以厅长云秀梅为组长的行政审批改革领导小组，对涉及卫生的行政审批事项进行了清理，经过审核和多次研究讨论，确定将原有的28项审批、审核、备案事项保留17项，取消下发合并行政审批事项11项（其中取消审批2项，取消审核5项，下放审核3项，合并审批1项），行政审批项目总体减少39.29%，达到了自治区政府精简行政审批事项的目标要求。作为此项工作成绩突出的3个厅局之一，卫生厅在自治区政府礼堂向自治区领导和有关单位汇报了行政审批制度改革进展情况，受到自治区政府的表扬。2002年和2003年国务院分两批公布了取消审批1195项和改变管理方式82项的目录，明确要求各地区、各部门要认真做好行政审批项目取消和调整后有关后续监管和衔接等工作。根据自治区审改办《转发国务院审改领导小组〈关于搞好已调整行政审批项目后续工作〉的通知》（内审改办字〔2003〕1号）要求，自治区卫生厅及时对应国务院卫生部门取消的17项项目，相应取消了自治区涉及的7项审批项目，改变管理方式7项,另有三项和自治区无关，视为自动取消，并将衔接情况及时上报了自治区审改办。

2002年，为适应中国加入WTO的要求，按照自治区清理工作领导小组要求，自治区卫生厅对全区的6部地方性法规和1960—2005年的14 365份文件进行了清理,共查出属于清理范围的文件29份，保留了18份，废止了8份，修改了3份。卫生厅还将废止文件的情况以在内蒙古法制日报上刊登公告的形式进行了公示。