一、学术流派

15世纪以后，蒙古医学至少存在有三个不同的学术流派：传统蒙医学派、藏医学派和近代蒙医学派。

1.传统蒙医学派

这一学派的中坚，大多是传统蒙古医学理论与疗术的继承者与捍卫者。正骨、正脑、饮食、滋补、推拿、罨敷、酸马奶、矿泉疗法等蒙医传统疗术及理论，在已经过去的历史年代为蒙古族的生存发展作出过不可磨灭的贡献，应该得到更进一步发扬光大。传统蒙医学派的代表人物，主要有明末清初的著名蒙古族医生绰尔济·墨尔根与觉罗·伊桑阿等，在继承和发展传统蒙医理论与骨外伤治疗技术方面，有许多突出的贡献。传统蒙医学派的医生大多信仰萨满教，许多正骨师本身又兼任萨满教中的萨满，治疗疾病采用的方法，有许多带有萨满教的烙印。

传统蒙医学派的理论经验和治疗技术的传授，大多通过家传、带徒、私淑传授，只传授给嫡系子孙，甚至连女儿都不传。弟子学徒，甚至连姓氏都改随师父。

2．藏医学派

这个学派由坚持《四部医典》理论和经验的蒙古医学家组成。藏医学派的成员大多是黄教的信徒，许多人还是曼巴扎仓的僧医和教师，理论水平较一般蒙医有超群的表现。许多人称为“雄根额木其”（“经典医生”的意思）。藏医学派的成员大多精通藏语，是《四部医典》最初的拜读者，也是《四部医典》较早的诠释者、翻译者。用藏文编写的许多诠释文章和经验体会，为在蒙古地区弘扬《四部医典》及相关的藏医学理论和经验，作出了独特的贡献。例如，准噶尔著名的宗教活动家、学者、翻译家赞雅斑智达在翻译《金光明经》等200余部藏文历史、文学、天文等方面著作的同时，亦翻译了《四部医典》等医学方面的著作。龙日格丹德尔和云丹满仁巴是藏医学派的代表人物。

3．近代蒙医学派

在公元17世纪末或18世纪初，一个新的蒙古医学流派，又从传统蒙医学派和藏医学派的队伍中分化、独立出来。这个新的学术派别的成员，既重视《四部医典》的理论成就及其对蒙古医学的影响，又不菲薄蒙古传统医学数千年来积累的宝贵实践经验。主张从蒙古民族世代居住生活的中国北方草原、森林地带的实际出发，以蒙古民族长期积累的传统的防病、治病、用药、保健等医疗实践经验为基础，吸纳藏医学、印度医学的部分理论，以及汉医学和其他兄弟民族医学的相关知识，为蒙古医学构筑一个具有鲜明地方特色与民族特色的理论体系。

18世纪中叶，“近代蒙医学派”已经成为当时蒙古医学的主流派。学派主要代表人物有：18世纪卫拉特著名蒙古医学家伊希巴拉珠尔，19世纪奈曼旗著名蒙药学家占布拉道尔吉，卫拉特蒙古医生敏如尔占布拉，鄂尔多斯公召庙活佛伊希丹金旺吉拉与察哈尔的罗布桑苏勒和木等。