东正教又称东方正统基督教，或称希腊正教，是基督教的三大派别之一。

东正教在呼伦贝尔地区大规模传入是从19世纪末和20世纪初开始的。清光绪二十四年（1898年），中东铁路开始勘建时，大批俄国铁路勘测工程技术人员进入呼伦贝尔盟境内，预定筑路地域。以后随着铁路通车营运，俄国铁路职工、家属、工商业者等移民便在铁路沿线“蜂屯蚁聚”。清光绪三十三年（1907年），据中东铁路局统计，从满洲里到扎兰屯的铁路沿线各站，共有俄国居民15790人，其中满洲里7005人（含扎赉诺尔矿区），海拉尔4375人，博克图2767人，扎兰屯1643人。同时，大批沙俄雇佣兵也以铁路护路队名义分驻铁路沿线各地。清光绪二十六年（1900年），中东铁路公司西部工区在满洲里火车站南侧修建了谢拉菲姆教堂。清光绪二十八年（1902年），由赤塔教会修士司祭米海依发动募捐，在满洲里西二道街修建伊诺根其耶夫教堂，以及同年由中东铁路公司投资在海拉尔铁道北修建斯巴西·普里阿布拉金斯克（主易圣容或译基督变容）西部区中心教堂等。

与此同时，在呼伦贝尔盟（今呼伦贝尔市）境内还出现一些俄国人（基本上属于非法越境者）进行东正教传播活动。即那些趁清末边防管理松弛，由额尔古纳河以西俄方一侧非法移入中国境内定居的后贝加尔俄国农民，在今额右旗境内的三河流域进行季节性或常年性生产，形成许多俄国侨民聚居的村屯。清光绪三十三年（1907年），已有24屯1031户，兴建教堂，从事宗教活动。

民国元年（1912年）初，呼伦贝尔“独立”后，沿边各卡伦被俄兵捣毁，使原来就不够健全的边防管理制度废弛，在相当长一段时期内俄国人越河移住中国几乎不受限制。有大批俄国边民移住中国境内的额尔古纳河以东，大举耕垦。民国17年（1928年），俄国十月革命前夕，呼伦贝尔盟中东铁路沿线及额右旗三河一带，俄国移民已达2万余人。

俄国十月革命胜利后，又有数万名被红军击败的白俄官兵整建制或零星地撤退到中国边境地区，他们中许多人后来在呼伦贝尔盟各地落户。额尔古纳河以西后贝加尔地区的俄国农民，或受白匪的威胁逼迫，或受反革命分子的蛊惑欺骗，或因逃避战祸，也越界来到三河一带安家落户。20世纪30年代初，已形成大小近30个由俄国移民组成的村落和10余个中俄杂居的村屯，有的几乎是全村村民全部搬了过来。

随着呼伦贝尔盟东正教徒的急剧增多，东正教会的传教活动以及教堂的建设也进入急剧发展时期。从清光绪二十六年（1900年）在满洲里建成第一座东正教堂起，截至40年代末，在呼伦贝尔盟各地先后建有不同规模的东正教堂38座。其间，除个别关闭、拆迁或毁于战火外，到20世纪50年代中期苏侨大批回国前，全市有东正教堂共约30座（不含几处临时祈祷所）。

1954—1955年，根据苏联政府安排，呼伦贝尔盟有2万余名苏侨回国。大多数村屯的苏侨连同教堂的神职人员一起离境，随之各地东正教堂陆续关闭。