1956年4月3日，经国务院批准，将甘肃省巴彦浩特蒙古族自治州、额济纳自治旗划归中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站管辖。同时，撤销巴彦浩特自治州，改设巴彦浩特市、阿拉善旗；改额济纳自治旗为额济纳旗。6月，巴彦淖尔盟（今巴彦淖尔市）人民委员会成立，驻巴彦浩特市，辖阿拉善旗（巴彦浩特市）、额济纳旗（建国营）、磴口县（三盛公）和巴彦浩特市。这是巴彦淖尔盟称谓的开始。

1958年4月2日，经国务院批准，撤销河套行政区人民委员会一级行政建制单位，其原辖五原县、临河县、杭锦后旗等旗县并入巴彦淖尔盟。同时，撤销狼山县，其行政区域并入杭锦后旗；撤销安北县，其行政区域并入乌拉特前旗；将乌兰察布盟（今乌兰察布市）的乌拉特前旗、乌拉特中后联合旗划归巴彦淖尔盟；撤销巴彦浩特市，其行政区域并入阿拉善旗，并将原陕坝镇改隶于杭锦后旗。同年7月，巴彦淖尔盟人民委员会改为行政公署，迁驻磴口县三盛公。1958年7月5日，经国务院批准，撤销达拉特后旗建制，其区域基本划入五原县。