1963年11月17日，经国务院批准，将乌拉特前旗从包头市划归巴彦淖尔盟（今巴彦淖尔市）。1964年7月20日，经国务院批准，撤销巴彦高勒市，恢复磴口县建制，驻巴彦高勒镇。1965年，巴彦淖尔盟行政公署辖乌达市、磴口县、五原县、临河县、杭锦后旗、乌拉特前旗、乌拉特中后联合旗、阿拉善左旗、阿拉善右旗、额济纳旗。

1966年5月，开始“文化大革命”。1967年11月21日，巴彦淖尔盟革命委员会成立，巴彦淖尔盟行政公署已停止行使职权。1969年7月5日，中共中央决定，将中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站巴彦淖尔盟的阿拉善左旗和阿拉善右旗的巴彦诺尔、乌力吉、塔木素、阿拉腾敖包、笋布尔人民公社划归宁夏回族自治区管辖；将阿拉善右旗、额济纳旗划归甘肃省管辖。同年12月19日，对巴彦淖尔盟实行军事管制。

1970年，巴彦淖尔盟革命委员会机关由三盛公镇迁驻临河县。同年10月30日，经国务院批准，划出乌拉特中后联合旗西部的9个人民公社，设立潮格旗，驻潮格人民公社。