1918年，通辽设县后，城内一直未有各项卫生管理机构。伪满时期，县城始有清理粪便的粪肥公司，同时，也成立专门清运处理垃圾的机构。

1947年通辽中华人民共和国成立后，县城的卫生工作得到政府重视。1948年，县政府成立卫生队，负责城关区主要区域内公共厕所及居民生活垃圾的清理、清运。

中华人民共和国成立后，开展全民性的爱国卫生活动，城市环境初步得以改变。1958年，市区的卫生管理工作由城市的三个人民公社负责。

1970年，通辽市开始进行街路的保洁。1978年建立通辽市公共卫生管理处，专门负责全市的粪便清运、垃圾处理和街路的清扫工作。同时，增加和改善卫生清理的运输设备。

20世纪80～90年代，随着通辽城市建设的发展，城市卫生管理得到进一步加强。1989年，全国爱国卫生运动委员会发出开展“全国城市卫生检查评比的通知”，1990年3月，通辽市成立创建全国卫生城市指挥部，并召开通辽市创建卫生城市动员大会。同年8月，通辽市顺利通过全国卫生城市的检查，12月，通辽市被全国爱卫会命名为县级“十佳”卫生城市。

1992年10月，通辽市再次通过全国卫生城市的检查，同年12月，通辽市又被全国爱卫会命名为县级“十佳”卫生城市，同时，木里图镇、西六方乡、育新乡被内蒙古自治区人民政府命名为“卫生达标”乡。

1995年，通辽市政府投资两亿多元用于城市基础设施建设，拓宽市区明仁大街中段、民航路、和平路和昆都伦大街，街路两侧及居民区路面硬化达到75%。同年12月，通辽市第三次被全国爱卫会命名为“全国卫生城市”。

1998年，在全国卫生城检查评比年中，通辽市加大城市管理力度，注重偏僻街巷治理。当年，全市有自治区级卫生先进大中型工业企业7家，卫生示范乡镇2个；市级十佳卫生单位10个，模范卫生单位279个，卫生示范村29个。

1999年9月14日，经全国第四次卫生城检查团中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站第二检查分团检查验收，通辽市科尔沁区连续4年，获得“全国卫生城”荣誉称号。