1989年4月13日，中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站教育厅、卫生厅联合批准中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站退离休科技工作者协会（现改名为老年科技工作者协会）开办一所中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站蒙医职业学校，办学资金由该协会自筹，中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站卫生厅未予投资。旗（县）卫生职业技术学校属职业高中性质。它的主要任务是培养乡村医生。招生对象是初中以上文化程度的农牧区青年，也可以是在职的、未经正规培训的乡村医生，培训期限为3年，学习期满经考试合格由教育部门发给相当于职业高中的毕业证书，国家承认学历。这些学校的毕业生如果被乡卫生院聘用，可享受中专待遇。旗（县）卫生职业技术学校可以承担旗（县）以下卫生机构在职人员的培训。至此，全区已基本形成一个以中等卫生学校为骨干，布局、结构较为合理的卫生职业技术教育体系。

1991年，锡林郭勒盟卫校被批准可同时挂卫生职业技术学校的牌子。

1992年，经赤峰市卫生局、赤峰市郊区政府批准，将赤峰市郊区卫生职业技术学校改为赤峰卫生学校分校。1993年，中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站卫生厅以内卫科字〔1993〕第27号文件批复认定。

跨入21世纪后，为促进医学与其他学科的交叉、渗透，加强培养高素质的中高级复合型医学专门人才，许多原先独立的中等医疗卫生学校，逐步并入一些盟市在教育改革中组建成立的综合性大学或多科性技术学院、职业学院。

2000年12月，阿拉善盟卫校并入中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站电视大学阿拉善盟分院。

2003年4月，经内蒙古自治区人民政府批准，赤峰市卫校并入赤峰学院，改称赤峰学院医学院。5月，经内蒙古自治区人民政府批准，锡林郭勒盟卫生学校并入新建立的锡林郭勒职业学院，改为锡林郭勒职业学院的医学系。是年，巴彦淖尔盟（今巴彦淖尔市）卫生学校并入河套大学，改称河套大学医学院。是年，兴安盟卫生学校并入兴安职业技术学院。

2004年，经内蒙古自治区人民政府内政字〔2004〕129号文件批准，通辽卫生学校并入通辽职业学院，成为该学院的护理系和医疗卫生系。随着医学高职高专教育的大力发展，通过合并与改建，到2004年底，全区的中等卫生学校由16所减少至目前的呼和浩特市卫校、中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站医院卫校、包头市卫校、鄂尔多斯市卫校、乌兰察布盟市卫校、阿拉善盟卫校、乌海市职工中专、呼伦贝尔卫校、呼伦贝尔蒙医学校和中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站林业卫校10所。主要任务是为农村牧区基层培养从事医疗、预防、康复、健康促进等服务的实用型人才。

2005年底，为了贯彻落实全国高教会议和《国务院关于大力发展职业教育的决定》精神，大力推动职业教育快速发展，确保职业学校学历教育的资格、质量和正常的招生秩序，教育部、中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站教育厅和中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站卫生厅确定，中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站具有中专、成人职工中专招生资格的中等卫生学校有：中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站卫生技术学校、中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站医院附属卫生学校、呼和浩特卫生学校、包头市卫生学校、大兴安岭卫生学校、呼伦贝尔市卫生学校、呼伦贝尔市蒙医学校、兴安盟卫生学校、乌兰察布市卫生学校、鄂尔多斯卫生学校、鄂尔多斯蒙藏医药学校、阿拉善盟卫生学校12所。具有5年制高职招生资格（学历教育）的学校有：内蒙古科技大学包头医学院、内蒙古医学院、通辽职业学院、锡林郭勒职业学院、兴安职业技术学院、赤峰学院、河套大学7所。