1963年，河北省遭受严重水灾，灾后疫病流行。中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站先后派两批医疗队共120余人，深入灾区历时半年之久，在保定、衡水、石家庄三个地区的十几个县内治疗病人13万余人次，抢救危重病人578人。

1976年4月6日，乌兰察布盟（今乌兰察布市）的和林、凉城、清水河三县发生地震，受灾人口10余万人，中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站和乌兰察布盟先后派出36个医疗队，共329人，深入灾区治病防疫。

1976年7月28日，唐山和天津地区发生大地震，根据卫生部的统一部署，中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站卫生部门和厂矿企业的医疗卫生单位，共组织30个医疗队和两个列车医疗组，共541人（其中医师200人），参加救援工作。参加救灾医疗的队员分乘45辆卡车于8月4日到达天津宁河县，设立“宁河县内蒙古医疗队”，收治1389人重伤、重病病人，并建立300余个家庭病床，治疗门诊病人6419人次，巡诊治疗11148人次。列车医疗组还承担从唐山向安徽护运伤员的任务，共运出500人。内蒙古卫生防疫站的卫生医师金云华，在当地染上乙型脑炎，以身殉职。

1996年5月3日，包头市发生6.4级强烈地震。卫生系统广大职工积极投身于抗震救灾工作中，先后收治地震伤员366人，其中重伤员104人，轻伤员262人。包头市卫生防疫站在本站工作用房遭受严重破坏的情况下，组成18个卫生防病减灾机动队和消杀队，总计出动400余组次、5000余人次，消杀140余万平方米，使上百万人口受益。对直接入口食物的产销监督和水源消毒严格、及时，抗震期间，包头全市没有发生一起食物中毒和水源污染事件。

1998年，中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站呼伦贝尔盟（今呼伦贝尔市）、兴安盟、哲里木盟（今通辽市）、赤峰市、锡林郭勒盟（以下简称锡盟）等五盟市发生百年不遇特大洪灾，中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站卫生厅组织医疗防疫工作队共1076支，派出医务人员3797人，其中，中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站组织医疗防疫工作队30支，医疗防疫工作人员238人，深入防汛抗洪第一线进行巡回医疗。并组织呼和浩特地区各大医院为灾区捐赠价值9万余元的救灾药品。内蒙古医学院附属医院广大职工响应号召为灾区一次性捐款达78910元人民币，为灾区群众捐献衣物2566件，医院捐款10万元人民币，并捐赠价值5万元人民币的药品。8月23日，医院派出的两支抗洪救灾医疗小分队，共计13人，分别赶赴赤峰和锡盟的重灾区，在抗洪第一线为救治伤病员和防止灾后疫病传播做了大量具体工作。

1999年，为确保大灾之后无大疫，中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站组建33支有338人参加的医疗防疫工作预备队。

2003年4—6月，内蒙古部分地区发生非典疫情，中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站卫生厅组建8支，共500余人的医疗救治队，派出15批专家志愿到疫情较重地区抗击非典。